Помимо 13 самолетов для эксплуатационных испытаний был заказан еще один планер Y1B-17 (без армейского серийного номера) как нелетный для статических испытаний конструкции на прочность. Самолет был поставлен без вооружения и его предполагалось использовать для определения максимально возможных нагрузок на конструкцию.
Но руководство армейских ВВС сочло такие испытания излишними и 12 мая 1937 года было принято решение о переоборудовании этого Y1B-17 в специальный самолет для летных испытаний под обозначением Y1B-17A. Двигатели самолета Wright GR-1820-51 (G5) Cyclone оборудовали турбонагнетателями с приводом от выхлопных газов фирмы Moss/General Electric. Назначением турбокомпрессоров было нагнетание значительного давления для создания максимальной взлетной мощности и доводить давление до значения соответствующего давлению на уровне моря в разреженном воздухе на большой высоте. Воздух при сжатии в компрессоре сильно нагревался и перед подачей в двигатель требовалось его охлаждение. Для этого Y1B-17A оснастили промежуточным охладителем сжатого воздуха, установленным в передней кромке крыла.
В компании Y1B-17A получил обозначение Model 299F, а в USAAC — серийный номер 37-369. Y1B-17A совершил первый полет 29 апреля 1938 года. Первоначально конструкторы разместили турбонагнетатели горизонтально на верхней части мотогондол, но такое расположение оказалось неприемлемым для нормальной работы нагнетателя и вызывало вибрации. Поэтому их перенесли в нижнюю часть мотогондол. Переделанный таким образом самолет впервые поднялся в воздух 20 ноября 1938 года. В этом полете никаких проблем не возникло, турбодвигатели развивали мощность 800 л.с. на высоте 25000 футов, при том, что стандартный атмосферный R-1820-39 мог развить лишь 775 л.с. на высоте 14000 футов. Увеличившаяся мощность и высотность двигателей позволила поднять рабочий потолок самолета до более чем 30000 футов и максимальную скорость до 311 миль в час (по сравнению с 256 милями в час для Y1B-17). Такие результаты испытаний привели к принятию турбонагнетателей в качестве стандартного оснащения всех Flying Fortress начиная с модели B-17B.
Y1B-17A был поставлен армейским ВВС 31 января 1939 года. После завершения армейских испытаний обозначение самолета было изменено на B-17A.
